Ders AdıKodu Yerel KrediAKTS Ders (saat/hafta)Uygulama (saat/hafta)Laboratuar (saat/hafta)
Biyoinformatik AnalizlerMBG610537.5300
ÖnkoşullarYok
YarıyılGüz
Dersin DiliTürkçe
Dersin SeviyesiDoktora
Dersin TürüSeçmeli @ Moleküler Biyoloji ve Genetik ABD Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora Programı
Seçmeli @ Biyoteknoloji ABD Biyoteknoloji Yüksek Lisans Programı
Seçmeli @ Moleküler Biyoloji ve Genetik ABD Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans Programı
Ders KategorisiUzmanlık/Alan Dersleri
Dersin Veriliş ŞekliYüz yüze
Dersi Sunan Akademik BirimMoleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü
Dersin KoordinatörüNehir Özdemir Özgentürk
Dersi Veren(ler)Şenay Vural Korkut, Nehir Özdemir Özgentürk
Asistan(lar)ı
Dersin AmacıBu dersin amacı kompleks biyolojik sistemlerin analizi, nükleik asit ve protein dizi analizlerinin temellerini biyoinformatik araçlar kullanılarak uygulamalı olarak ögrencilerin öğrenmesini sağlamaktır.
Dersin İçeriğiGenomiks, GenBank Dizi Databankası, Dizi Birleştirme, Gen Tahmini konuları ve ilgili Programlar (NCBI's Entrez, BLAST, PSI-BLAST, ClustalW, Pfam, PRINTS, BLOCKS, CAP3, PHRAD Prosite and the PDB, ORF Finder,GENSCAN, SCOP & CATH)
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
  • Bioinformatics, A practical Guide to the Analysis of Genes and proteins, A.D. Baxevanis ve B.F.F. Ouellette, 1998, ISBN0-471-19196-5
Opsiyonel Program BileşenleriYok

Ders Öğrenim Çıktıları

  1. Bu dersin sonunda öğrenciler, Sayısal Biyoloji ve Biyoinformatik hakkında temel kavramları öğrenir.
  2. Öğrenciler en yaygın kullanılan biyoinformatik programlarının kullanım alanları ve detayları hakkında bilgi sahibi olur.
  3. Öğrenciler en önemli bioinformatik programlarının kullanım tecrübesi edinir.

Ders Öğrenim Çıktısı & Program Çıktısı Matrisi

DÖÇ-1DÖÇ-2DÖÇ-3
PÇ-1---
PÇ-2---
PÇ-3---
PÇ-4---
PÇ-5---
PÇ-6---
PÇ-7---
PÇ-8---
PÇ-9---
PÇ-10---
PÇ-11---
PÇ-12---
PÇ-13---
PÇ-14---
PÇ-15---
PÇ-16---
PÇ-17---
PÇ-18---

Haftalık Konular ve İlgili Ön Hazırlık Çalışmaları

HaftaKonularÖn Hazırlık
1Gen ve Gentik KodlarDers Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri
2GenBank Dizi Data Bankası NCBIDers Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri
3GenBank Dizi Data BankasıDers Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri
4Dizi Birleştirme Ders Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri
5Coklu Dizi BirleştirmeDers Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri
6CAP3, PHRADDers Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri
7ClustalW ve Protein Analizi (Pfam, Prosite, Prints, Blocks)Ders Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri
8Ara Sınav 1 / Uygulama veya Konu Tekrarı
9Data Bankası incelemesi BLAST analiziDers Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri
10GENSCAN, PSI-BLASTDers Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri
11ORF FinderDers Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri
12Gen Ontoloji /MATLAB)Ders Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri
13Mikroarray Data AnaliziDers Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri
14Protein Data Bankası Ders Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri
15Final

Değerlendirme Sistemi

EtkinliklerSayıKatkı Payı
Devam/Katılım
Laboratuar
Uygulama
Arazi Çalışması
Derse Özgü Staj
Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği
Ödev110
Sunum/Jüri110
Projeler
Seminer/Workshop
Ara Sınavlar140
Final140
Dönem İçi Çalışmaların Başarı Notuna Katkısı
Final Sınavının Başarı Notuna Katkısı
TOPLAM100

AKTS İşyükü Tablosu

EtkinliklerSayıSüresi (Saat)Toplam İşyükü
Ders Saati143
Laboratuar
Uygulama
Arazi Çalışması
Sınıf Dışı Ders Çalışması144
Derse Özgü Staj
Ödev130
Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği
Projeler
Sunum / Seminer130
Ara Sınavlar (Sınav Süresi + Sınav Hazırlık Süresi)130
Final (Sınav Süresi + Sınav Hazırlık Süresi)140
Toplam İşyükü :
Toplam İşyükü / 30(s) :
AKTS Kredisi :
Diğer NotlarYok