| Hafta | Konular | Ön Hazırlık |
|---|
| 1 | Konu anlatımı: Galaxy sitesi tanıtımı. | Ders 1, Zorunlu Kaynak [1] |
| 2 | Konu anlatımı: Galaxy sitesinde dosya yükleme, dosya görüntüleme, program kullanımı. Genom aritmetiği ve veri analizi gerçekleştirme. | 1. Ders 2, Zorunlu Kaynak [1] 2. “Short introduction to Galaxy”, “Galaxy Basics for Genomics”, Zorunlu Kaynak [2] |
| 3 | Konu anlatımı: Protein-ligand docking için PDB dosyası hazırlama ve ligand kütüphanesi oluşturma. | 1. Ders3, Zorunlu Kaynak [1] 2. “Protein-ligand docking”, Zorunlu Kaynak [2] |
| 4 | Konu anlatımı: Yeni nesil dizileme giriş. Kısa Sınav 1 (15 dk.): Ders sonunda, derste işlenen konuları içeren bir kısa sınavın yapılması. | 1. Bölüm 1-2, Ders Kitabı 2. Ders4, Zorunlu Kaynak [1] 3. “NGS data logistics”, Zorunlu Kaynak [2] 4. Kısa Sınav 1: Docking konusu kaynakları |
| 5 | Konu anlatımı: RNA-Seq; Fastq dosya formatı, kısa okumaların kalite kontrolü, temizlenmesi ve genoma eşlenmesi. | 1. Bölüm 5, Ders Kitabı 2. Ders5, Zorunlu Kaynak [1] 3. “RNA-Seq reads to counts”, “RNA-Seq from counts to genes”, Zorunlu Kaynak [2] |
| 6 | Konu anlatımı: Tek hücre RNA dizileme analizi prensipleri. | 1. Ders 6, Zorunlu Kaynak [1] 2. “An introduction to scRNA-seq data analysis”, Zorunlu Kaynak [2] |
| 7 | Konu anlatımı: Önemli genlerin DEG analizi ile tespiti ve bu genlerin GO, KEGG, DAVID gibi yaklaşımlar ile anlamlandırılması. | 1. Ders 7, Zorunlu Kaynak [1] 2. “RNA-seq genes to pathways”, Zorunlu Kaynak [2] |
| 8 | Ara Sınav 1 | |
| 9 | Konu anlatımı: Mutasyon ve SNP ortaya çıkarılması için ekzon dizilerinden faydalanılması. | 1. Bölüm 4, Ders Kitabı 2. Ders9, Zorunlu Kaynak [1] 3. “Calling variants in diploid systems”, “Exome sequencing data analysis for diagnosing a genetic disease”, Zorunlu Kaynak [2] |
| 10 | Konu anlatımı: Epigenetik analiz (metilasyon, HiC). Kısa Sınav 2 (15 dk.): Ders sonunda, SNP tayini konusundan kısa sınavın yapılması. | 1. Bölüm 6, Ders Kitabı 2. Ders10, Zorunlu Kaynak [1] 3. “ATAC-Seq data analysis”, “DNA Methylation data analysis” Zorunlu Kaynak [2] 4. Kısa Sınav 2: SNP tayini konularına ait kaynaklar. |
| 11 | Konu anlatımı: Proteomik analiz temelleri. | 1. Ders 11, Zorunlu Kaynak [1] 2. “Label-free data analysis using MaxQuant”, Zorunlu Kaynak [2] |
| 12 | Ara Sınav II | Sınav haftasına kadar işlenen konuların tümünün tekrar edilmesi |
| 13 | Konu anlatımı: Metabolomik analiz temelleri. | 1. Ders13, Zorunlu Kaynak [1] 2. “Mass spectrometry: LC-MS data processing”, Zorunlu Kaynak [2] |
| 14 | Konu anlatımı: 16S rRNA dizilerinin kullanılması yardımıyla çevresel örneklerde bakteri türlerinin tayini: metagenom analizleri. | 1. Bölüm 7, Ders Kitabı 2. Ders 14, Zorunlu Kaynak [1] 3. “16S Microbial Analysis with mothur (short)” Zorunlu Kaynak [2] |
| 15 | Konu anlatımı: Makine öğrenmesi temelleri, sınıflandırma ve kümeleme. | 1. Ders 15, Zorunlu Kaynak [1] 2. “Classification in Machine Learning”, “Clustering in Machine Learning”, Zorunlu Kaynak [2] |
| 16 | Final | |
