Anasayfa » Akademik Birimler » Fen-Edebiyat Fakültesi » Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü » Dersler » Biyoinformatik
Ders AdıKodu Yerel KrediAKTS Ders (saat/hafta)Uygulama (saat/hafta)Laboratuar (saat/hafta)
BiyoinformatikMBG442134300
ÖnkoşullarYok
YarıyılGüz
Dersin DiliTürkçe
Dersin SeviyesiLisans
Dersin TürüZorunlu @ Moleküler Biyoloji ve Genetik Lisans Programı
Ders KategorisiUzmanlık/Alan Dersleri
Dersin Veriliş ŞekliYüz yüze
Dersi Sunan Akademik BirimMoleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü
Dersin KoordinatörüAlper Yılmaz
Dersi Veren(ler)
Asistan(lar)ı
Dersin AmacıModern biyoinformatik analizlerin bulut temelli olarak öğrenilmesi
Dersin İçeriğiGalaxy platformunda gerçekleştirilebilen yeni nesil dizileme temelli analizler (RNA dizileme, tek hücre dizileme ve SNP tayini) ile çeşitli omik analizlere (proteomik, metabolomik) ek olarak metagenom analizi. Ayrıca docking (yanaştırma) ve makine öğrenmesi ile biyolojik verilerde sınıflandırma ve kümeleme.
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
  • https://training.galaxyproject.org/ sitesindeki eğitim materyalleri
  • Hamid D. Ismail. Bioinformatics: A Practical Guide to Next Generation Sequencing Data Analysis. Chapman & Hall/CRC. 2023
Opsiyonel Program BileşenleriYok

Ders Öğrenim Çıktıları

  1. Öğrenciler biyoinformatik kullanım alanlarını öğrenirler.
  2. Öğrenciler bilginin toplanması ve işlenmesi konusunu anlamış olurlar.
  3. Öğrenciler proteomik ve metabolomik analizlerin temellerini öğrenirler.
  4. Öğrenciler farklı yeni nesil dizileme örneğini işleyebilir hale gelirler.
  5. Öğrenciler metagenom analizinin temellerini öğrenirler.

Ders Öğrenim Çıktısı & Program Çıktısı Matrisi

DÖÇ-1DÖÇ-2DÖÇ-3DÖÇ-4DÖÇ-5
PÇ-1-----
PÇ-2-----
PÇ-3-----
PÇ-455555
PÇ-555555
PÇ-6-----
PÇ-7-----
PÇ-8-----
PÇ-9-----
PÇ-10-----
PÇ-1155555
PÇ-1255555
PÇ-13-----
PÇ-14-----
PÇ-15-----
PÇ-16-----
PÇ-17-----
PÇ-18-----

Haftalık Konular ve İlgili Ön Hazırlık Çalışmaları

HaftaKonularÖn Hazırlık
1Biomart – Genom tarayıcı programlarDers kitabı 1
2Docking / moleküler yanaştırmaOnline kaynak 1
3DockingOnline kaynak 1
4Yeni nesil dizilemeDers kitabı 1
5Yeni nesil dizileme – RNA-SeqOnline kaynak 1
6Yeni nesil dizileme – tek hücreOnline kaynak 1
7DEG analizi – GO, KEGG, DAVIDDers kitabı 1
8Ara Sınav 1
9Yeni nesil dizileme – SNP tayiniDers kitabı 1, Online kaynak 1
10Epigenetik analiz (metilasyon, HiC)Online kaynak 1
11Proteomik analizlerOnline kaynak 1
12Metabolomik analizlerOnline kaynak 1
13Metagenom analizleriOnline kaynak 1
14Makine öğrenmesi – SınıflandırmaOnline kaynak 1
15Makine öğrenmesi – KümelemeOnline kaynak 1
16Final

Değerlendirme Sistemi

EtkinliklerSayıKatkı Payı
Devam/Katılım
Laboratuar
Uygulama130
Arazi Çalışması
Derse Özgü Staj
Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği
Ödev
Sunum/Jüri
Projeler
Seminer/Workshop
Ara Sınavlar130
Final140
Dönem İçi Çalışmaların Başarı Notuna Katkısı
Final Sınavının Başarı Notuna Katkısı
TOPLAM100

AKTS İşyükü Tablosu

EtkinliklerSayıSüresi (Saat)Toplam İşyükü
Ders Saati143
Laboratuar
Uygulama141
Arazi Çalışması
Sınıf Dışı Ders Çalışması142
Derse Özgü Staj
Ödev
Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği
Projeler
Sunum / Seminer
Ara Sınavlar (Sınav Süresi + Sınav Hazırlık Süresi)115
Final (Sınav Süresi + Sınav Hazırlık Süresi)125
Toplam İşyükü :
Toplam İşyükü / 30(s) :
AKTS Kredisi :
Diğer NotlarYok