Ders AdıKodu Yerel KrediAKTS Ders (saat/hafta)Uygulama (saat/hafta)Laboratuar (saat/hafta)
BiyoinformatikBME316035300
ÖnkoşullarYok
YarıyılGüz, Bahar
Dersin Diliİngilizce
Dersin SeviyesiLisans
Dersin TürüSeçmeli @ Biyomedikal Mühendisliği Lisans Programı
Seçmeli @ Bilgisayar Mühendisliği Lisans Programı
Seçmeli @ Elektrik Mühendisliği Lisans Programı
Seçmeli @ Elektronik & Haberleşme Mühendisliği Lisans Programı
Ders KategorisiTemel Meslek Dersleri
Dersin Veriliş ŞekliYüz yüze
Dersi Sunan Akademik BirimBiyomedikal Mühendisliği Bölümü
Dersin Koordinatörüİsmail Cantürk
Dersi Veren(ler)
Asistan(lar)ı
Dersin AmacıBu ders biyoinformatik araçları ve analiz yöntemlerini tanıtmak için tasarlanmıştır. Öğrenciler çevrimiçi araçları kullanarak tıbbi ve genomik verilerle çalışabileceklerdir.
Dersin İçeriğiBiyoinformatiğe Giriş: çevrimiçi veri tabanlarına erişim, dizi hizalama, BLAST, filogenetik, GWAS istatistikleri, R programlama, gen ağları.
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
  • Ders notları
  • Bioinformatics and Functional Genomics. Pevsner.
Opsiyonel Program BileşenleriYok

Ders Öğrenim Çıktıları

  1. Öğrenciler DNA/protein dizileri, RNA ekspresyonu, protein yapısı, etkileşim verileri hakkında bilgi sahibi olurlar.[2]
  2. Öğrenciler çevrimiçi genom veritabanlarını kullanır.[2]
  3. Öğrenciler dizi hizalama, filogeni, motif araştırmacıları hakkında bilgi edinir.[2]
  4. Öğrenciler biyolojik verilerle ilgili olarak R programlamayı öğrenir ve uygular.[4]
  5. Öğrenciler biyolojik bir problem için bir R programı tasarlar ve sunar.[4]

Haftalık Konular ve İlgili Ön Hazırlık Çalışmaları

HaftaKonularÖn Hazırlık
1Biyoinformatiğe girişCourse Notes
2Genomik diziler & Çevrimiçi veritabanlarıCourse Notes
3Sıra hizalama, Puanlama Matrisleri, İkili hizalama, BoşluklarCourse Notes
4Veritabanı arama, BLASTCourse Notes
5Gelişmiş BLAST: PSI-BLAST, Genomik DNA. Course Notes
6Moleküler Filogeni ve EvrimCourse Notes
7SNPs ve GWAS analiziCourse Notes
8Ara Sınav 1
9R programlama ICourse Notes
10R programlama IICourse Notes
11Mikroarray Veri Analizi ve İstatistikCourse Notes
12Kümeleme ve SınıflandırmaCourse Notes
13Protein-Protein Etkileşim AğıCourse Notes
14SunumlarCourse Notes
15Final

Değerlendirme Sistemi

EtkinliklerSayıKatkı Payı
Devam/Katılım
Laboratuar
Uygulama
Arazi Çalışması
Derse Özgü Staj
Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği
Ödev
Sunum/Jüri110
Projeler120
Seminer/Workshop
Ara Sınavlar130
Final140
Dönem İçi Çalışmaların Başarı Notuna Katkısı
Final Sınavının Başarı Notuna Katkısı
TOPLAM100

AKTS İşyükü Tablosu

EtkinliklerSayıSüresi (Saat)Toplam İşyükü
Ders Saati133
Laboratuar
Uygulama
Arazi Çalışması
Sınıf Dışı Ders Çalışması133
Derse Özgü Staj
Ödev
Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği
Projeler120
Sunum / Seminer110
Ara Sınavlar (Sınav Süresi + Sınav Hazırlık Süresi)115
Final (Sınav Süresi + Sınav Hazırlık Süresi)125
Toplam İşyükü :
Toplam İşyükü / 30(s) :
AKTS Kredisi :
Diğer NotlarYok