| Ders Adı | Kodu | Yerel Kredi | AKTS | Ders (saat/hafta) | Uygulama (saat/hafta) | Laboratuar (saat/hafta) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Biyoinformatik | BME3160 | 3 | 6 | 3 | 0 | 0 |
| Önkoşullar | Yok |
|---|
| Yarıyıl | Güz, Bahar |
|---|
| Dersin Dili | İngilizce |
|---|---|
| Dersin Seviyesi | Lisans |
| Dersin Türü | Seçmeli @ Biyomedikal Mühendisliği Lisans Programı (%100 İngilizce) |
| Ders Kategorisi | Temel Meslek Dersleri |
| Dersin Veriliş Şekli | Yüz yüze |
| Dersi Sunan Akademik Birim | Biyomedikal Mühendisliği Bölümü |
|---|---|
| Dersin Koordinatörü | İsmail Cantürk |
| Dersi Veren(ler) | |
| Asistan(lar)ı |
| Dersin Amacı | Bu ders biyoinformatik araçları ve analiz yöntemlerini tanıtmak için tasarlanmıştır. Öğrenciler çevrimiçi araçları kullanarak tıbbi ve genomik verilerle çalışabileceklerdir. |
|---|---|
| Dersin İçeriği | Biyoinformatiğe Giriş: çevrimiçi veri tabanlarına erişim, dizi hizalama, BLAST, filogenetik, GWAS istatistikleri, R programlama, gen ağları. |
| Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar |
|
| Opsiyonel Program Bileşenleri | Yok |
Ders Öğrenim Çıktıları
- Öğrenciler DNA/protein dizileri, RNA ekspresyonu, protein yapısı, etkileşim verileri hakkında bilgi sahibi olurlar.
- Öğrenciler çevrimiçi genom veritabanlarını kullanır.
- Öğrenciler dizi hizalama, filogeni, motif araştırmacıları hakkında bilgi edinir.
- Öğrenciler biyolojik verilerle ilgili olarak R programlamayı öğrenir ve uygular.
- Öğrenciler biyolojik bir problem için bir R programı tasarlar ve sunar.
Ders Öğrenim Çıktısı & Program Çıktısı Matrisi
| DÖÇ-1 | DÖÇ-2 | DÖÇ-3 | DÖÇ-4 | DÖÇ-5 |
Haftalık Konular ve İlgili Ön Hazırlık Çalışmaları
| Hafta | Konular | Ön Hazırlık |
|---|---|---|
| 1 | Biyoinformatiğe giriş | Ders Notları |
| 2 | Genomik diziler & Çevrimiçi veritabanları | Ders Notları |
| 3 | Sıra hizalama, Puanlama Matrisleri, İkili hizalama, Boşluklar | Ders Notları |
| 4 | Veritabanı arama, BLAST | Ders Notları |
| 5 | Gelişmiş BLAST: PSI-BLAST, Genomik DNA. | Ders Notları |
| 6 | Moleküler Filogeni ve Evrim | Ders Notları |
| 7 | SNPs ve GWAS analizi | Ders Notları |
| 8 | Ara Sınav 1 | |
| 9 | R programlama I | Ders Notları |
| 10 | R programlama II | Ders Notları |
| 11 | Mikroarray Veri Analizi ve İstatistik | Ders Notları |
| 12 | Kümeleme ve Sınıflandırma | Ders Notları |
| 13 | Protein-Protein Etkileşim Ağı | Ders Notları |
| 14 | Sunumlar | Ders Notları |
| 15 | Genel Konu Tekrarı | Ders Notları |
| 16 | Final |
Değerlendirme Sistemi
| Etkinlikler | Sayı | Katkı Payı |
|---|---|---|
| Devam/Katılım | ||
| Laboratuar | ||
| Uygulama | ||
| Arazi Çalışması | ||
| Derse Özgü Staj | ||
| Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği | ||
| Ödev | ||
| Sunum/Jüri | 1 | 10 |
| Projeler | 1 | 20 |
| Seminer/Workshop | ||
| Ara Sınavlar | 1 | 30 |
| Final | 1 | 40 |
| Dönem İçi Çalışmaların Başarı Notuna Katkısı | ||
| Final Sınavının Başarı Notuna Katkısı | ||
| TOPLAM | 100 | |
AKTS İşyükü Tablosu
| Etkinlikler | Sayı | Süresi (Saat) | Toplam İşyükü |
|---|---|---|---|
| Ders Saati | 14 | 3 | |
| Laboratuar | |||
| Uygulama | |||
| Arazi Çalışması | |||
| Sınıf Dışı Ders Çalışması | 14 | 5 | |
| Derse Özgü Staj | |||
| Ödev | |||
| Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği | |||
| Projeler | 1 | 20 | |
| Sunum / Seminer | 1 | 10 | |
| Ara Sınavlar (Sınav Süresi + Sınav Hazırlık Süresi) | 1 | 15 | |
| Final (Sınav Süresi + Sınav Hazırlık Süresi) | 1 | 25 | |
| Toplam İşyükü : | |||
| Toplam İşyükü / 30(s) : | |||
| AKTS Kredisi : | |||
| Diğer Notlar | Yok |
|---|
