| Hafta | Konular | Ön Hazırlık |
|---|
| 1 | Konu Anlatımı:Protein Yapısının Genel Özellikleri; Birincil yapı; amino asit yapısı ve amino asitlerin özellikleri | 1. Proteinleri oluşturan amino asitlerin yapı ve özelliklerinin gözden geçirilmesi Kaynak: Kaynak: Ders Kitabı 1, Bölüm 3. |
| 2 | Konu Anlatımı:Protein Yapısının Genel Özellikleri; İkincil yapılar, düzenli ve düzensi ikincil yapıların özellikleri | 1. Proteinlerde birincil ve ikincil yapı özelliklerinin gözden geçirilmesi. Kaynak: Ders Kitabı 1, Bölüm 4. |
| 3 | Konu Anlatımı:Protein Yapısının Genel Özellikleri; Üçüncül ve dördüncül yapılar, motif, domain kavramları ve proteinlerin 3-boyutlu yapılarına göre sınıflandırılması Kısa Sınav 1: Ders sonunda, derste işlenen konuları içeren bir kısa sınavın yapılması | 1. Proteinlerde 3 boyutlu yapı özelliklerinin ve sınıflandırmanın gözden geçirilmesi. Kaynak: Ders Kitabı 1, Bölüm 4. 2. Kısa Sınav 1 için ön hazırlık: 1 ve 2. hafta işlenen konuların tekrar edilmesi |
| 4 | Konu Anlatımı:Protein Mühendisliği tanımının tartışılması. Farklı endüstriyel ve biyoteknoloji alanlarındaki öneminin örneklerle anlatılması, temel yaklaşımlarının sınıflandırılması | 1. Protein mühendisliği nedir? Protein mühendisliği ürünleri ve GDO ürün farkı nedir araştırılması. Kaynaklar: Ders Kitabı 2, 1-12., Bilimsel literatür |
| 5 | Konu Anlatımı:Protein Mühendisliği yaklaşımı olarak Rasyonel Dizaynın temel prensipleri ve Rasyonel Dizayn teknikleri | 1. Rasyonel dizaynın yaklaşımının temel tekniklerinin gözden geçirilmesi. Kaynaklar: Ders Kitabı 3, 135-155., Ders Kitabı 2, 15-35, Bilimsel literatür |
| 6 | Konu Anlatımı:Moleküler Modelleme ve Homoloji Modelleme Kısa Sınav 2: Ders sonunda, derste işlenen konuları içeren bir kısa sınavın yapılması | 1. Homoloji Modelemede temel presipleirn gözden geçirilmesi. Kaynaklar: Ders Kitabı 4, 1-31, 55-82., Bilimsel literatür. 2. Kısa Sınav 2 için ön hazırlık: 4 ve 5. hafta işlenen konuların tekrar edilmesi |
| 7 | Konu Anlatımı:Protein Mühendisliği yaklaşımı olarak Rasyonel Dizayn tekniklerinin uygulandığı endüstriyel ve biyoteknolojik örneklerin paylaşılması. Sınıf-içi Tartışma: Literatürdeki ve uygulamadaki örneklerin ve eksiklerin tartışılması | 1. Rasyonel Dizayn teknikleri uygulanarak geliştirilmiş protein örneklerinin incelenmesi. Kaynaklar: Ders Kitabı 3, Bölüm 9-10-11., Bilimsel litaratür |
| 8 | Ara Sınav 1 | |
| 9 | Konu Anlatımı: Potein Mühendisliği yaklaşımı olarak Yönlendirilmiş Evrimin temel prensipleri ve Yönlendirilmiş Evrimde rastgele mutasyon teknikleri; Error-Prone PCR, kimyasal mutasyon, UV-radrasyon Sınıf-içi Tartışma: Literatürdeki ve uygulamadaki örneklerin ve eksiklerin tartışılması | 1. Yönlendirilmiş evrim yaklaşımının temel tekniklerinin gözden geçirilmesi. Kaynaklar: Ders Kitabı 3, 3-45., Bilimsel literatür |
| 10 | Konu Anlatımı: Yönlendirilmiş Evrimde rekombinatif teknikler; DNA Shuffling, Family DNA Shuffling, RACHITT, ITCHY Sınıf-içi Tartışma: Literatürdeki ve uygulamadaki örneklerin ve eksiklerin tartışılması Kısa Sınav 3: Ders sonunda, derste işlenen konuları içeren bir kısa sınavın yapılması | 1. Yönlendirilmiş evrim yaklaşımının temel tekniklerinin gözden geçirilmesi. Kaynaklar: Ders Kitabı 5, 1-44, Bilimsel literatür. 2. Kısa Sınav 3 için ön hazırlık: 7 ve 9. hafta işlenen konuların tekrar edilmesi |
| 11 | Konu Anlatımı: Potein Mühendisliği yaklaşımı olarak Yarı Rasyonel Dizaynın temel prensipleri, Yarı Rasyonel Dizayn teknikleri, bölge doygunluk mutasyonu. Sınıf-içi Tartışma: 3 temel protein mühendisliği yaklaşımının güçlü ve zayıf yönlerinin tartışılması | 1. Yarı-Rasyonel Dizayn tekniklerinin gözden geçirilmesi. Kaynaklar: Ders Kitabı 5, 45-68, 83-101., Ders Kitabı 3, Bölüm 5., Bilimsel literatür |
| 12 | Konu Anlatımı: Kütüphane tabanlı protein mühendisliği yaklaşımlarında hedefe yönelik mutantların elde edilmesinde seçme ve tarama yöntemleri Sınıf-içi Tartışma: Literatürdeki ve uygulamadaki örneklerin ve eksiklerin tartışılması Kısa Sınav 4: Ders sonunda, derste işlenen konuları içeren bir kısa sınavın yapılması | 1. Kütüphane tabanlı yaklaşımlarda hedef mutantın seçilmesine yönelik seçme ve tarama yöntemlerinin gözden geçirilmesi. Kaynaklar: Ders Kitabı 2, 31-145, 89-333., Ders Kitabı 3, 189-333., Bilimsel literatür. 2. Kısa Sınav 4 için ön hazırlık: 10 ve 11. hafta işlenen konuların tekrar edilmesi |
| 13 | Konu Anlatımı: De novo protein tasarımı ve protein mühendisliğinde yapay zeka tabanlı yaklaşımlar Sınıf-içi Tartışma: Literatürdeki ve uygulamadaki örneklerin ve eksiklerin tartışılması | 1. De novo protein tasarımında yapay zeka tabanlı yaklaşımların özellikle bilimsel litaratür taranarak gözden geçirilmesi. Kaynaklar: Ders Kitabı 3, 177- 188., Bilimsel Literatür |
| 14 | Konu Anlatımı: Protein stabilitesinin önemi ve geliştirilmesinde kullanılan protein mühendisliği metodları Sınıf-içi Tartışma: Literatürdeki ve uygulamadaki örneklerin ve eksiklerin tartışılması Kısa Sınav 5: Ders sonunda, derste işlenen konuları içeren bir kısa sınavın yapılması | 1. Protein stabilitesi ile ilgili tekniklerin ve literatür çalışmalarının gözden geçirilmesi. Kaynaklar: Ders Kitabı 2, 69-87, Ders Kitabı 3,120, 230, 248, Bilimsel literatür. 2. Kısa Sınav 5 için ön hazırlık: işlenen tüm konuların tekrar edilmesi |
| 15 | Konu Anlatımı: Yeni bir ilaç keşfi, endüstriyel enzimler, biyoyakıtlar, tarım biyoteknolojisi ve çevre biyoteknolojisi uygulamalarında örnek protenlerin protein mühendisliği yöntemleri ile geliştirilmesi. Sınıf-içi Tartışma: Etik, biyogüvenlik ve gelecekteki perspektiflerin tartışılması | 1. Öğrenilen tüm konularla ilgili bilimsel literatürün taranması. Kaynak 1) Bilimsel literatür |
| 16 | Final | |
