| Hafta | Konular | Ön Hazırlık |
|---|
| 1 | Konu Anlatımı: Enzim Teknolojisine Giriş Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Enzimlerin endüstriyel uygulamaları hakkında tartışmanın yapılması | 1. Enzim teknolojisi alanı ve tarihsel süreç, modern enzim araştırmaları ve endüstriyel enzim uygulamalarının okunması. Kaynak: Ders kitabı- Bölüm 1 |
| 2 | Konu Anlatımı: Enzim Yapı ve Fonksiyonu Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Posttranslasyonel modifikasyonların enzim aktivitesine etkisi ile ilgili tartışmanın yapılması | 1.Enzimlerin yapısı ve fonksiyonunun okunması. Kaynak: Ders kitabı, Bölüm 2 |
| 3 | Konu Anlatımı: Diziden Substrat Kompleksine Enzim Modellemesi Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Mekanistik ve kinetik modellemenin entegrasyonu ile ilgili tartışmanın yapılması Kısa Sınav 1 (10 dk.): Ders sonunda, derste işlenen konuları içeren bir kısa sınavın yapılması | 1.Protein sekans alanının incelenmesi, yapısal modelleme, moleküler docking, protein yapı ve dinaklerinin mekanistik modellerinin okunması. Kaynak: Ders kitabı, Bölüm 3 2. Kısa Sınav 1: Kaynak Ders Kitabı: Bölüm 1-2 |
| 4 | Konu Anlatımı: Enzim kinetiği Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Enzimin katalitik aktivitesini etkileyen parametreler hakında tartışma yapılması | 1. Kimyasal katalizler, enzim kinetik modelleri, kinetik parametrelerin belirlenmesi, enzim inhibisyonu konularının okunması. Kaynak: Ders Kitabı, Bölüm 4 |
| 5 | Konu Anlatımı: Aktiviteye Dayalı Enzim Tarama ve Tanımlama Yöntemleri Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Enzim tanımlamada metagenom verilerinin kullanımı konusunda tartışma Kısa Sınav 2 (10 dk.): Ders sonunda, derste işlenen konuları içeren bir kısa sınavın yapılması | 1. İdeal enzim kavramı, enzim tanımlama kaynakları, aktivite temelli enzim tanımlama konularının okunması. Kaynak: Ders kitabı, Bölüm 6 Kısa Sınav 2: Kaynak: Ders kitabı, Bölüm 3,4 |
| 6 | Öğrenci Sunumları Sınıf-içi Uygulama (15 dk.): Enzim mühendisliği konusunda yayınlanmış bir araştırma makalesi sunumu Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Enzim mühendisliği ile ilgili makalenin tartışılması | Sunumların hazırlanması |
| 7 | Konu Anlatımı: Enzim Tanımlama için Biyoinformatik Araçlar Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Erişimi açık veri tabanlarının yeni enzim katalizörlerinin belirlenmesindeki yeri hakkında tartışılması | 1. Gen sekansından enzim fonksiyonuna, homoloji araştırması, çoklu protein hizalaması, filogenetik analiz konularının okunması. Kaynak: Ders kitabı, Bölüm 7 |
| 8 | Ara Sınav 1 | |
| 9 | Konu Anlatımı: Enzimlerin Optimizasyonu Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Rasyonel protein dizaynı ve yönlendirilmiş evrimin enzim optimizasyon çalışmalarında birbirlerine göre avantaj ve dezavantajlarının tartışılması Kısa Sınav 3 (10 dk.): Ders sonunda, derste işlenen konuları içeren bir kısa sınavın yapılması | 1. Enzimlerin optimizasyon stratejileri, mutant kütüphanesi oluşturulması, tarama ve seçme konularının okunması. Kaynak: Ders kitabı, Bölüm 8 2. Kısa Sınav 3: Kaynak: Ders kitabı, Bölüm 6,7 |
| 10 | Öğrenci Sunumları Sınıf-içi Uygulama (15 dk.): Enzim mühendisliği konusunda yayınlanmış araştırma makalesi sunumu Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Enzim mühendisliği ile ilgili makalenin tartışılması | Sunumların hazırlanması |
| 11 | Konu Anlatımı: Enzim Üretimi Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Hangi enzimin üretiminde hangi konak organizma kullanılmalı, ökaryotik ve prokaryotik konakların seçimi hakkında tartışma | 1. Konak organizma seçimi, ökaryotlarla veya prokaryotlarla üretim, ekspresyon ve regülasyon sistemi seçimi, protein üretiminin optimizasyonu konularının okunması. Kaynak: Ders kitabı, Bölüm 9 |
| 12 | Konu Anlatımı: Enzim Saflaştırma Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Farklı kromatografi tekniklerinin enzim saflaştırmada nasıl kullanıldığı konusunun tartışılması | 1. Enzim saflaştırma parametreleri ve proses geliştirme konularının okunması. Kaynak: Ders kitabı, Bölüm 10 |
| 13 | Konu Anlatımı: Enzim İmmobilizasyonu Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Enzim immobilizasyonunun gelecekte yenilikçi enzim mühendisliği uygulamaları konusunda beyin fırtınası yapılması | 1.Enzim immobilizasyonu metadolojisi, moleküler ve fizikokimyasal etkileri, performans özellikleri ve metod seçimi konularının okunması. Kaynak: Ders kitabı, Bölüm 11 |
| 14 | Konu Anlatımı: Uygulamalı Biyokataliz İlkeleri Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Enzimatik reaksiyonlarda hız kısıtlayıcı basamakları iyileştirmek için neler yapılabileceği konusunda beyin fırtınası yapılması | 1. Kofaktör bağımlı biyotransformasyon, substat dozu ayarlama yaklaşımları, ürün ayrıştırma yaklaşımları, Derasematizasyon yaklaşımları konularının okunması. Kaynak: Ders kitabı, Bölüm 13 |
| 15 | Konu Anlatımı: Kimya ve İlaç Endüstrisinde Enzimler Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Kimya ve ilaç endüstrisinde enzimlerin tarihsel ve günümüz uygulamaları konusunda tartışmanın yapılması | 1. Kimya ve ilaç sektöründe enzimlerin kullanımının tarihçesi ve güncel durumunun okunması. Kaynak: Ders kitabı, Bölüm 14 |
| 16 | Final | |
