| Hafta | Konular | Ön Hazırlık |
|---|
| 1 | Konu Anlatımı: Genom Nedir? Sınıf içi uygulama: Genom kavramının ve yapısının tartışılması | Genom kavramının farklı kaynaklardan karşılaştırılması. Kaynak: Ders Kitabı 2 Bölüm 1 |
| 2 | Konu Anlatımı: Genom Evrimi Sınıf içi Uygulama: Genom yapısını inceleyerek genom evriminin tartışılması | Evrim kavramını incelme, genom evrimi kavramını inceleme. Kaynak: Ders Kitabı1 Bölüm 3, Ders Kitabı 2 Bölüm 18 |
| 3 | Konu Anlatımı: Genom Haritalama Sınıf içi Uygulama: Genom haritalama methodları fiziksel ve genetik haritalamanın yöntemleri incelenmesi Kısa sınav 1: 5 soru çoktan seçmeli | Genom üzerinde genlerin non koding bölgelerin yerlerini belirleme, marker kavramını inceleme. Kaynak: Ders Kitabı 2 Bölüm 3. Kısa sınav 1: Kaynak: Ders Kitabı 2., Bölüm 3 |
| 4 | Konu Anlatımı : Dizileme Teknolojisi Sınıf içi uygulama: Klasik ve next generations Genom dizileme methodlarının incelenmesi ve tartışılması | Genomun fiziksel olarak deşifre edilmesi kavramı ve yöntemlerini inceleme. Kaynak: Ders Kitabı 1 Bölüm 2, Ders Kitabı 2, Bölüm 4 |
| 5 | Konu Anlatımı: Fonksiyonel Genomik ve Karşılaştırmalı Genomik Sınıf içi uygulama: Genomun fonksiyonu hakkında tartışma ve bu fonsiyonların genomlar arasındaki benzerliklerinin tartışılması | Genom ve gen benzerliklerinin ve fonksiyon benzerliklerinin incelenmesi. Kaynak: Ders Kitabı 1 Bölüm 3 |
| 6 | Konu Anlatımı: Genom anotasyonu Sınıf içi uygulama: Gen, ekzon intron bölgeleri bulma gibi genom dizi örneklerini incelemesi Kısa sınav 2: 5 soruluk çoktan seçmeli | Genom üzerindeki kodlayan ve kodlamayan özelliklerinin incelenmesi. Kaynak: Ders Kitabı 2 Bölüm 5 Kısa sınav 2. Kaynak: Ders Kitabı 2, Bölüm 5. |
| 7 | Konu Anlatımı: Transkriptom Sınıf içi uygulama: Transkriptom nedir ve analizlerinin tartışılması | Protein sentezi kavramı ve transkriptom kavramının incelenmesi. Kaynak: Ders Kitabı 2 Bölüm 12 |
| 8 | Ara Sınav 1 | |
| 9 | Konu Anlatımı: Proteomik biliminin kökeni ve kapsamı Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Proteomik biliminin genetik mühendisliği uygulamalarında yerinin tartışılması | Büyük ölçekli biyoloji ve omik çağı, fonksiyonel genomik, proteomiğin kapsamı ve gereksinim konularının okunması. Kaynak: Ders Kitabı 3- Bölüm 1 |
| 10 | Konu Anlatımı: Protein ayırım stratejileri Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Farklı protein ayırım stratejilerinin birbirlerine göre avantaj ve dezavantajlarının tartışılması | 1. 2 boyutlu jel elektroforezi ve proteomik uygulamaları, sıvı kromotografisi prensipleri ve proteomik uygulamaları konularının okunması. Kaynak: Ders Kitabı 3- Bölüm 2 |
| 11 | Konu Anlatımı: Protein tanımlama stratejileri Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Farklı protein tanımlama stratejilerinin birbirlerine göre avantaj ve dezavantajlarının ve güncel araştırmalarda hangi durumda hangi tekniğin tercih edilebileceğinin tartışılması Kısa Sınav 3 (10 dk.): Ders sonunda, derste işlenen konuları içeren bir kısa sınavın yapılması | Antikorlarla protein tanımlama, kütle spektrometresi, kütle spektrometresi ile protein tanımlama konularının okunması. Kaynak: Ders Kitabı 3, Bölüm 3 Kısa Sınav 3: Ders kitabı 3 Bölüm 1,2 |
| 12 | Konu Anlatımı: Protein miktar tayini stratejileri Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Protein miktar tayin stratejilerinin biyoteknoloji uygulamalarında kullanımının tartışılması | 1. 2DGE temelli kantitatif proteomik, çoklu jel-içi proteomik, kantitatif kütle spektrometresi konularının okunması. Kaynak: Ders Kitabı 3- Bölüm 4 |
| 13 | Konu Anlatımı: Protein dizisinin analizi Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Protein dizilerinden fonksiyon tahminlerinin ve bu konuda makine öğrenmesinin kullanılması konusunun tartışılması Kısa Sınav 4 (10 dk.): Ders sonunda, derste işlenen konuları içeren bir kısa sınavın yapılması | Protein aileleri ve evrimsel ilişkileri, protein sekansının karşılatırılması, uzak ilişkileri bulma stratejileri konularının okunması. Kaynak: Ders Kitabı 3- Bölüm 5 Kısa Sınav 4: Ders Kitabı 3 Bölüm 3,4 |
| 14 | Ara Sınav 2 | Sınav haftasına kadar proteomik konusunda işlenen tüm konular |
| 15 | Konu Anlatımı: Protein yapı ve fonksiyonu Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Proteomik biliminin yeni proje tasarımında potansiyelinin ve olası uygulamalarının tartışılması | Yapısal genomik ve yapı uzayı, protein yapısını analiz etme teknikleri, protein yapı tahmini konularının okunması. Kaynak: Ders Kitabı 3- Bölüm 6 |
| 16 | Final | |
