| Hafta | Konular | Ön Hazırlık |
|---|
| 1 | Konu Anlatımı: Biyofiziğe Giriş, Biyolojik Sistemlerde Enerji Kavramı Sınıf-içi Uygulama (5 dk.): Enerji dönüşümüne günlük yaşamdan örnekler Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): “Canlı sistemlerde enerji neden sürekli yenilenmelidir? | Nelson, Biological Physics (3rd ed.): Bölüm 1, s. 1–25 Bialek, Biophysics: Bölüm 1, s. 1–20 |
| 2 | Konu Anlatımı: Termodinamik İlkeler (1. ve 2. yasa) Sınıf-içi Uygulama (5 dk.): Hücre içi enerji dönüşümleri için örnek hesaplama Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): ATP’nin biyolojik önemi | Nelson: Bölüm 2–3, s. 29–88 Glaser, Biophysics: An Introduction: Bölüm 2, s. 23–54 |
| 3 | Konu Anlatımı: Difüzyon, Ozmoz, Membran Taşınımı Sınıf-içi Uygulama (5 dk.): Fick yasaları ile difüzyon hızı hesabı Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Hücre zarında seçici geçirgenlik | Nelson: Bölüm 5, s. 117–150 Cotterill, Biophysics: An Introduction: Bölüm 3, s. 65–100 |
| 4 | Konu Anlatımı: Biyomoleküllerin Fiziksel Özellikleri (Protein, DNA, Lipid) Sınıf-içi Uygulama (5 dk.): DNA’nın çift sarmal boyunun hesaplanması Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Protein yapısının biyolojik işlevle ilişkisi | Bialek: Bölüm 2–3, s. 45–110 Nelson: Bölüm 7, s. 200–240 |
| 5 | Konu Anlatımı: Hücre Zar Potansiyeli, Nernst Denklemi Sınıf-içi Uygulama (5 dk.): Potasyum iyonu için denge potansiyeli hesabı Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Sinir hücresinde elektriksel sinyal iletimi | Nelson: Bölüm 10, s. 280–310 Glaser: Bölüm 5, s. 101–130 |
| 6 | Konu Anlatımı: Aksiyon Potansiyeli ve Sinir İletimi Sınıf-içi Uygulama (5 dk.): Hodgkin-Huxley modelinden örnek Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): İyon kanallarının biyomedikal önemi | Nelson: Bölüm 11, s. 310–340 Bialek: Bölüm 5, s. 150–180 |
| 7 | Konu Anlatımı: Kas Fizyolojisinin Biyofiziği Sınıf-içi Uygulama (5 dk.): Kas kasılması için güç–enerji ilişkisi hesabı Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): ATP tüketimi ve kas performansı | Nelson: Bölüm 12, s. 350–390 Phillips, Physical Biology of the Cell: Bölüm 11, s. 420–460 |
| 8 | Ara Sınav 1 | |
| 9 | Konu Anlatımı: Hücrede Mekanik Özellikler (Elastisite, Gerilme) Sınıf-içi Uygulama (5 dk.): Hücre zarının gerilme–genlik ilişkisi Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Mekanik kuvvetlerin hücre davranışına etkisi | Boal, Mechanics of the Cell (2nd ed.): Bölüm 3–4, s. 80–150 Nelson: Bölüm 13, s. 400–440 |
| 10 | Konu Anlatımı: Floresans, optogenetik ve ışık–madde etkileşimi. Sınıf-içi Uygulama: Floresan proteinlerin (GFP) emisyon spektrumunun incelenmesi (örnek veri üzerinden). Sınıf-içi Tartışma: “Optogenetik yöntemler beyin araştırmalarında neden devrimsel kabul edilmektedir?” | Optophysiology: Illuminating cell physiology with optogenetics |
| 11 | Konu Anlatımı: Sitokeleton biyofiziği, hücre göçü ve mekanotransdüksiyon. Sınıf-içi Uygulama: Hücre göçü hızının substrat sertliğine bağlı basit modelle gösterilmesi. Sınıf-içi Tartışma: Mekanik kuvvetler hücre kaderini (örneğin farklılaşma) nasıl etkiler? | How cytoskeletal crosstalk makes cells move: bridging cell-free and cell studies |
| 12 | Konu Anlatımı: Sunumlar Sınıf-içi Uygulama: Gruplar biyofiziksel bir konuyu sunar Sınıf-içi Tartışma: Sunum sonrası tartışma | Konuya göre kaynak seçimi |
| 13 | Konu Anlatımı: Sunumlar Sınıf-içi Uygulama: Gruplar biyofiziksel bir konuyu sunar Sınıf-içi Tartışma: Sunum sonrası tartışma | Konuya göre kaynak seçimi |
| 14 | Konu Anlatımı: Sunumlar Sınıf-içi Uygulama: Gruplar biyofiziksel bir konuyu sunar Sınıf-içi Tartışma: Sunum sonrası tartışma | Konuya göre kaynak seçimi |
| 15 | Konu Anlatımı: Sunumlar Sınıf-içi Uygulama: Gruplar biyofiziksel bir konuyu sunar Sınıf-içi Tartışma: Sunum sonrası tartışma Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Araştırma konularının endüstrideki uygulanabilirliği | Konuya göre kaynak seçimi |
| 16 | Final | |
