| Hafta | Konular | Ön Hazırlık |
|---|
| 1 | Konu Anlatımı: Moleküler Modellemenin tanımının verilmesi ve uygulama alanlarının örneklerle tanıtılması Sınıf-içi Uygulama (5 dk.): Moleküler Modelleme için tanıtım yapılması Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Moleküler Modellemenin Uygulama alanlarının tartışılması | Moleküler Modellemenin Tanımına ilişkin ön bilgilerin hatırlanması Kaynak: [1] Bölüm 1 |
| 2 | Konu Anlatımı: Temel Kavramlara Giriş: Moleküler Modelleme Tanımı ve kullanım alanları, Enerji, Atomik birimler, Kuantum Mekaniği, Etkileşimler Sınıf-içi Uygulama (5 dk.): Moleküler Modelleme için temel kavramların verilmesi Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Moleküler Modellemenin Uygulama alanlarının tartışılması | Moleküler Modellemeye ilişkin temel kavramların hatırlanması ve etkinleştirilmesi. Kaynak: [1], [2], [3]. Birinci Bölüm. [4] Bölüm 2 |
| 3 | Konu Anlatımı: Moleküler Modelleme Teknikleri, Moleküler Mekanik Yöntemler, Kuvvet Alanları Sınıf-içi Uygulama (5 dk.): Moleküler Modelleme Teknikleri hakkında temel bilginin anlatılması Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Modelleme tekniklerinden Moleküler Mekaniğin günlük hayatta kullanımının tartışılması | Moleküler Modelleme tekniklerine ilişkin ön bilgilerin hatırlanması ve etkinleştirilmesi. Kaynak: [3] Bölüm 4, [4] Bölüm 4 Moleküler Mekanik Yöntemler konularını içeren bölümlerin okunması. Kaynak: [3] Bölüm 4, [4] Bölüm 4. |
| 4 | Konu Anlatımı: Kuantum Mekanik Yöntemlerin açıklanması, Yarı- Ampirik Metotlar, MNDO, AM1, PM3 Yöntemleri Sınıf-içi Uygulama (5 dk): Yöntemlerin kıyaslamasının yapılması Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Kuantum Mekanik Yöntemlerin uygulama alanlarının tartışılması | Kuantum Mekanik Yöntemlere ilişkin ön bilgilerin hatırlanması ve etkinleştirilmesi. Kaynak: [3] Bölüm 2 Yarı Ampirik Metotlar konularını içeren bölümlerin okunması. Kaynak: [2] Bölüm 3 |
| 5 | Konu Anlatımı: Hartree-Fock (HF) Metodu Sınıf-içi Uygulama (5 dk): HF Modeli eşitliklerinin çıkarılması Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): HF Metodu uygulama alanlarının tartışılması | Hartree- Fock teorisine ilişkin ön bilgilerin hatırlanması ve etkinleştirilmesi. Kaynak: [4] Bölüm 16 |
| 6 | Konu Anlatımı: Yoğunluk Fonksiyonel Teorisine (DFT) giriş, Kohn- Sham Yaklaşımı, Zamana Bağlı Yoğunluk Fonksiyonel Teorisine giriş Sınıf-içi Uygulama (5 dk.): Kohn- Sham eşitliğinin tanıtımının yapılması Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): DFT kullanımlarının disiplinlerarası bakış açısı ile tartışılması Kısa Sınav 1 (15 dk.): Ters yüz edilmiş öğrenme (flipped learning) yöntemi çerçevesinde, ders başında, öğrenciye verilen ön hazırlık görevinde yer alan konuları içeren bir kısa sınavın yapılması | DFT kavramlarına ilişkin ön bilgilerin hatırlanması ve etkinleştirilmesi. Kaynak: [5] Bölüm 8. |
| 7 | Konu Anlatımı: Fonksiyoneller ve Baz setlerinin tanıtımı Sınıf-içi Uygulama (5 dk.): Fonksiyoneller ve baz setleri için kıyaslama yapılması Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Baz setlerinin değişik örneklerde kullanımı üzerine tartışma yapılması | Fonksiyoneller ve baz setlerinin tanım ve özelliklerinin önceden okunulması ve öğrenilmesi. Kaynak: [4] Bölüm 16. |
| 8 | Ara Sınav 1 | |
| 9 | Konu Anlatımı: Hesaplamalara çözücü etkisinin açıklanması Sınıf-içi Uygulama (5 dk.): Çözücü etkisine ilişkin farklı yöntemlerin kıyaslanması Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Çözücü etkisinin hesaba katılmasının gerekliliğinin tartışılması | Çözücü yöntemlerine ilişkin ön bilgilerin hatırlanması ve etkinleştirilmesi. Kaynaklar: [4] Bölüm 23, [3] Bölüm 11. |
| 10 | Konu Anlatımı: Moleküler optimizasyon hesaplamaları ve atomik yükler kavramlarının açıklanması Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Optimize moleküler yapının doğrulanmasına ilişkin fikirlerin tartışılması | Atomik yükler konularını içeren bölümlerin okunması. Kaynak: [5] Bölüm 6. |
| 11 | Konu Anlatımı: Moleküler titreşimler ve Harmonik Osilatör Modeli Sınıf-içi Uygulama (5 dk.): Moleküler titreşim hareketlerinin anlaşılması Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Harmonik Osilatör Modelinin uygulamasına ilişkin tartışmanın yapılması | Titreşim hareketleri bölümlerinin Okunması. Kaynaklar: [1] Bölüm 7 |
| 12 | Konu Anlatımı: Kavramsal DFT: Tepkime Tanımlayıcıları, Global ve Yerel Özellikler Sınıf-içi Uygulama (5 dk.): Global Özelliklerin Hesaplanma uygulamasının yapılması Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Global ve Yerel Özelliklerin kullanımının tartışmasının yapılması Kısa Sınav 5 (15 dk.): Ders sonunda, derste işlenen konuları içeren bir kısa sınavın yapılması | Kavramsal DFT için verilmiş kaynağın okunması |
| 13 | ara sınav 2 | Sınav haftasına kadar işlenen konuların tümünün tekrar edilmesi |
| 14 | Konu Anlatımı: Kimyasal reaksiyonlar ve Geçiş Konumu Kompleksinin optimizasyonu Sınıf-içi Uygulama: (5 dk) Geçiş Konumu Kompleksi için potansiyel enerji grafiğinin çizimi Sınıf-içi Tartışma: (5 dk.) Kimyasal reaksiyonların başlangıç konumlarının tahmini için tartışmasının yapılması | Geçiş Konumu Kompleksine ilişkin ön bilgilerin hatırlanması ve etkinleştirilmesi. Kaynak: [5] Bölüm 15 |
| 15 | Konu Anlatımı: Moleküler Modellemenin Bugünü ve Geleceği Sınıf-içi Uygulama (15 dk.): Örnek çalışmaların anlatılması Sınıf-içi Tartışma (5 dk.): Moleküler Modellemenin geleceğinin tartışılması | Moleküler Modellemenin geleceğine ilişkin kaynak taraması yapılması |
| 16 | Final | |
