| Ders Adı | Kodu | Yerel Kredi | AKTS | Ders (saat/hafta) | Uygulama (saat/hafta) | Laboratuar (saat/hafta) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Yapısal Biyoloji | BYM5130 | 3 | 7.5 | 3 | 0 | 0 |
| Önkoşullar | Yok |
|---|
| Yarıyıl | Güz, Bahar |
|---|
| Dersin Dili | İngilizce, Türkçe |
|---|---|
| Dersin Seviyesi | Yüksek Lisans |
| Dersin Türü | Seçmeli @ Biyomühendislik ABD Biyomühendislik Yüksek Lisans Programı Seçmeli @ Biyomühendislik ABD Biyomühendislik Doktora Programı |
| Ders Kategorisi | Uzmanlık/Alan Dersleri |
| Dersin Veriliş Şekli | Yüz yüze |
| Dersi Sunan Akademik Birim | Biyomühendislik Bölümü |
|---|---|
| Dersin Koordinatörü | Selcen Arı Yuka |
| Dersi Veren(ler) | Selcen Arı Yuka |
| Asistan(lar)ı |
| Dersin Amacı | 1) Yapısal biyoloji ile ilgili verilerin türleri, gösterimi, görselleştirilmesi ve kaynaklarının tanıtılması 2) Biyolojik makromoleküllerin yapı ve dizileriyle ilgili biyoinformatik araçların tanıtılması 3) Dizi-yapı-fonksiyon ilişkilerini analiz eden metotların tanıtılması |
|---|---|
| Dersin İçeriği | 1) Biyolojik olayların yapısal temellerinin tanıtılması 2) Yapısal biyoloji ile ilgili verilerin türleri, gösterimi, görselleştirilmesi ve kaynaklarının tanıtılması 3) Biyolojik makromoleküllerin yapı ve dizileriyle ilgili bilişim uygulamalarının tanıtılması 4) Dizi-yapı-fonksiyon ilişkilerini analiz eden metotların tanıtılması |
| Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar | |
| Opsiyonel Program Bileşenleri | Yok |
Ders Öğrenim Çıktıları
- Protein ve nükleik asitlerin yapılarının temel prensipleri hakkında bilgi sahibi olacaklardır.
- Yapısal biyoloji için veri tabanları ve çevirim içi araçlar hakkında bilgi sahibi olacaklardır.
- Yapısal verilerin görselleştirilmesi ve gösterimi hakkında bilgi sahibi olacaklardır.
- Protein yapısı modelleme ve tahmini hakkında bilgi sahibi olacaklardır.
- Makromoleküllerin fonksiyonel ve yapısal analizleri hakkında bilgi sahibi olacaklardır.
Ders Öğrenim Çıktısı & Program Çıktısı Matrisi
| DÖÇ-1 | DÖÇ-2 | DÖÇ-3 | DÖÇ-4 | DÖÇ-5 | |
| PÇ-1 | - | - | - | - | - |
| PÇ-2 | - | - | - | - | - |
| PÇ-3 | - | - | - | - | - |
| PÇ-4 | - | - | - | - | - |
| PÇ-5 | - | - | - | - | - |
| PÇ-6 | - | - | - | - | - |
| PÇ-7 | - | - | - | - | - |
| PÇ-8 | - | - | - | - | - |
| PÇ-9 | - | - | - | - | - |
| PÇ-10 | - | - | - | - | - |
| PÇ-11 | - | - | - | - | - |
| PÇ-12 | - | - | - | - | - |
| PÇ-13 | - | - | - | - | - |
| PÇ-14 | - | - | - | - | - |
| PÇ-15 | - | - | - | - | - |
| PÇ-16 | - | - | - | - | - |
| PÇ-17 | - | - | - | - | - |
| PÇ-18 | - | - | - | - | - |
| PÇ-19 | - | - | - | - | - |
| PÇ-20 | - | - | - | - | - |
| PÇ-21 | - | - | - | - | - |
| PÇ-22 | - | - | - | - | - |
| PÇ-23 | - | - | - | - | - |
| PÇ-24 | - | - | - | - | - |
| PÇ-25 | - | - | - | - | - |
| PÇ-26 | - | - | - | - | - |
| PÇ-27 | - | - | - | - | - |
| PÇ-28 | - | - | - | - | - |
| PÇ-29 | - | - | - | - | - |
| PÇ-30 | - | - | - | - | - |
Haftalık Konular ve İlgili Ön Hazırlık Çalışmaları
| Hafta | Konular | Ön Hazırlık |
|---|---|---|
| 1 | Yapısal biyolojiye giriş: Temel kavramlar ve biyomoleküllerin organizasyonu | Ders Notları ve önerilen kaynaklar |
| 2 | Yapısal biyolojide veri tabanları | Ders Notları ve önerilen kaynaklar |
| 3 | Protein katlanması, stabilite ve enerji | Ders Notları ve önerilen kaynaklar |
| 4 | Yapı ve fonksiyon belirlemede deneysel prensipler | Ders Notları ve önerilen kaynaklar |
| 5 | Protein yapı ve fonksiyon analizleri | Ders Notları ve önerilen kaynaklar |
| 6 | Çoklu dizi hizalaması (MSA) ve evrimsel korunum analizi | Ders Notları ve önerilen kaynaklar |
| 7 | Karşılaştırmalı yapı modellemesi | Ders Notları ve önerilen kaynaklar |
| 8 | Ara Sınav 1 | |
| 9 | Protein–protein etkileşimleri ve kompleks modelleme | Ders Notları ve önerilen kaynaklar |
| 10 | Moleküler kenetleme-I | Ders Notları ve önerilen kaynaklar |
| 11 | Moleküler kenetleme-II | Ders Notları ve önerilen kaynaklar |
| 12 | Moleküler dinamik simülasyon’un prensipleri | Ders Notları ve önerilen kaynaklar |
| 13 | Yapı temelli ilaç tasarımı ve sanal tarama (structure-based drug design) | Ders Notları ve önerilen kaynaklar |
| 14 | Proje sunumları | Ders Notları ve önerilen kaynaklar |
| 15 | Proje sunumları | Ders Notları ve önerilen kaynaklar |
| 16 | Final |
Değerlendirme Sistemi
| Etkinlikler | Sayı | Katkı Payı |
|---|---|---|
| Devam/Katılım | ||
| Laboratuar | ||
| Uygulama | ||
| Arazi Çalışması | ||
| Derse Özgü Staj | ||
| Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği | ||
| Ödev | ||
| Sunum/Jüri | 1 | 30 |
| Projeler | ||
| Seminer/Workshop | ||
| Ara Sınavlar | 1 | 30 |
| Final | 1 | 40 |
| Dönem İçi Çalışmaların Başarı Notuna Katkısı | ||
| Final Sınavının Başarı Notuna Katkısı | ||
| TOPLAM | 100 | |
AKTS İşyükü Tablosu
| Etkinlikler | Sayı | Süresi (Saat) | Toplam İşyükü |
|---|---|---|---|
| Ders Saati | 16 | 3 | |
| Laboratuar | |||
| Uygulama | |||
| Arazi Çalışması | |||
| Sınıf Dışı Ders Çalışması | 14 | 6 | |
| Derse Özgü Staj | |||
| Ödev | |||
| Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği | |||
| Projeler | |||
| Sunum / Seminer | 1 | 30 | |
| Ara Sınavlar (Sınav Süresi + Sınav Hazırlık Süresi) | 1 | 25 | |
| Final (Sınav Süresi + Sınav Hazırlık Süresi) | 1 | 35 | |
| Toplam İşyükü : | |||
| Toplam İşyükü / 30(s) : | |||
| AKTS Kredisi : | |||
| Diğer Notlar | Yok |
|---|
