| Hafta | Konular | Ön Hazırlık |
|---|
| 1 | Sınıf içi uygulama: Galaxy sitesinin tanıtımı ve nasıl kullanılabileceğinin tartışılması. | 1. Ders1, Zorunlu Kaynak [1] |
| 2 | Sınıf içi uygulama: Galaxy sitesinde dosya yükleme, dosya görüntüleme, program kullanımı uygulamaları. | 1. Ders2, Zorunlu Kaynak [1] 2. “Short introduction to Galaxy”, “Galaxy Basics for Genomics”, Zorunlu Kaynak [2] |
| 3 | Sınıf içi uygulama: Docking uygulama 1 | 1. Ders3, Zorunlu Kaynak [1] 2. “Protein-ligand docking”, Zorunlu Kaynak [2] |
| 4 | Sınıf içi uygulama: Docking uygulama 2 Kısa Sınav 1 (15 dk.): Ders sonunda, derste işlenen konuları içeren bir kısa sınavın yapılması. | 1. Ders3, Zorunlu Kaynak [1] 2. “Protein-ligand docking”, Zorunlu Kaynak [2] 3. Kısa Sınav 1: Docking konusu kaynakları |
| 5 | Sınıf içi uygulama: Yeni nesil dizileme – RNA-Seq uygulama 1. Kısa dizilerin temizlenmesi ve kalite kontrolü. | Bölüm 5, Ders Kitabı 2. Ders5, Zorunlu Kaynak [1] 3. “RNA-Seq reads to counts”, Zorunlu Kaynak [2] |
| 6 | Sınıf içi uygulama: Yeni nesil dizileme – RNA-Seq uygulama 2. Kısa dizilerin genoma eşlenmesi. | 1. Bölüm 5, Ders Kitabı 2. Ders5, Zorunlu Kaynak [1] 3. “RNA-Seq from counts to genes”, Zorunlu Kaynak [2] |
| 7 | Sınıf içi uygulama: DEG analizi – GO, KEGG, DAVID - uygulama | 1. Ders7, Zorunlu Kaynak [1] 2. “RNA-seq genes to pathways”, Zorunlu Kaynak [2] |
| 8 | Ara Sınav 1 | |
| 9 | Sınıf içi uygulama: SNP tayini uygulama 1. FreeBayes programı yardımıyla mutasyon ve SNP tayini, SnpEff programı yardımı ile mutasyonların anlamlandırılması. | Bölüm 4, Ders Kitabı 2. Ders9, Zorunlu Kaynak [1] 3. “Calling variants in diploid systems”, Zorunlu Kaynak [2] |
| 10 | Sınıf içi uygulama: SNP tayini uygulama 2. Anne, baba ve çocuk üçlemesine ait veri üzerinden genetik hastalık analizi uygulaması. Kısa Sınav 2 (15 dk.): Ders sonunda, SNP tayini konusundan kısa sınavın yapılması. | 1. Bölüm 4, Ders Kitabı 2. Ders9, Zorunlu Kaynak [1] 3. “Exome sequencing data analysis for diagnosing a genetic disease”, Zorunlu Kaynak [2] 4. Kısa Sınav 2: SNP tayini konularına ait kaynaklar |
| 11 | Sınıf içi uygulama: Epigenetik analiz uygulama. ATAC-Seq ve Bisülfit dizileme örneği verilerinden DNA erişebilirlik analizi ve metilasyon bölgeleri tayini uygulaması. | 1. Bölüm 6, Ders Kitabı 2. Ders10, Zorunlu Kaynak [1] 3. “ATAC-Seq data analysis”, “DNA Methylation data analysis” Zorunlu Kaynak [2] |
| 12 | Ara sınav II | Sınav haftasına kadar işlenen konuların tümünün tekrar edilmesi |
| 13 | Sınıf içi uygulama: Metagenom analiz uygulaması olarak, Mothur programı kullanarak fare bağırsak florasında türlerin dağılımının incelenmesi. | 1. Bölüm 7, Ders Kitabı 2. Ders14, Zorunlu Kaynak [1] 3. “16S Microbial Analysis with mothur (short)” Zorunlu Kaynak [2] |
| 14 | Sınıf içi uygulama: Makine öğrenmesi – Sınıflandırma - uygulama | 1. Ders15, Zorunlu Kaynak [1] 2. “Classification in Machine Learning”, Zorunlu Kaynak [2] |
| 15 | Sınıf içi uygulama: Makine öğrenmesi – Kümeleme - uygulama | 1. Ders15, Zorunlu Kaynak [1] 2. “Clustering in Machine Learning”, Zorunlu Kaynak [2] |
| 16 | Final | |
